El Ecuador creó el Comité Nacional del CODEX  Alimentarius mediante Decreto Ejecutivo 2132 del 29 de septiembre de 2004, publicado en el Registro Ocial Nº 437 del 7 de octubre 2004.

Conforme lo establece el Decreto Ejecutivo No. 82, el CNCA estará conformado por el Ministro/a o su delegado/a y su alterno/a de las siguientes instituciones: Ministerio de Agricultura y Ganadería–MAG, Ministerio de Salud Pública–MSP, Ministerio de Producción, Comercio Exterior, Inversiones y Pesca-MPCEIP Ministerio del Ambiente–MAE, y la Secretaria de Educación Superior, Ciencia y Tecnología–SENESCYT.